肝门部胆管癌患者最常见的临床症状是阻塞性黄疸，95%以上的患者以黄疽就诊。黄疽通常呈进行性加深，伴皮肤瘙痒、小便色深和大便色淡，黄疸较深时小便呈茶色而大便呈陶土样。需要指出的是，黄疸虽然是肝门部胆管癌的常见症状，但不是早期症状，在黄疸出现之前一段时间内可有上腹隐痛不适、厌油、纳差、乏力、低热、体重减轻等症状，伴随黄疽的出现，这些症状变得更加明显。
在未行胆道检查操作前一般无胆道感染症状，但有10%+20%的患者可有上腹部疼痛、畏寒、发热和黄疽等胆管炎表现，易被误诊为胆管结石，有一部分患者确实伴有胆管结石，这类患者可有长期反复发作的胆道病史或胆道手术史。体格检查除皮肤、巩膜黄染外，有时可触及肿大的肝脏，剑突下可有轻微的深压痛，胆囊一般不可触及，部分患者还可见皮肤抓痕。
