对于牛奶可以补钙，从而防治骨折和骨质疏松的观点，一些研究也提出质疑，一项为期12年、涉及78000名妇女的哈佛大学的护士健康研究表明，大量饮用牛奶的妇女比那些少量饮用或者不饮用牛奶的妇女骨折的比例高两倍。
医学研究表明，大量钙流失是导致骨折的主要原因，盐和动物蛋白质，例如鸡肉、鱼、蛋等都会引发钙流失。 牛奶中含有的几种蛋白质也会引起钙的流失，从牛奶中吸收到的钙有三分之一会从尿液中被排出，而从奶酪中吸收的钙三分之二会流失。
骨质疏松症发病率最高的正是那些牛奶和奶制品消费高的国家，例如：美国、瑞典、芬兰等。北欧的爱斯基摩人平均每天吸收250-400克动物蛋白，从鱼骨中吸收的钙质有2200毫克，却是世界上骨质疏松症发病率最高的民族。
而饮食中乳制品很少的亚洲国家，骨折发生率最低。平均钙摄入量只有300毫克的新加坡，骨折率只有美国的1/9.因此大量饮用牛奶可能不仅不能增强骨质，还可能适得其反。
儿童牛奶过敏比较常见
各种动物分泌的乳汁都是适应它们自己幼崽生长发育的需要。就奶牛而言，它有四个胃，有大而粗的肠子，巨大的骨架及由大量的内分泌系统所控制的生长速度。适应小牛生长的牛奶不一定完全适合婴儿发育的要求。
牛奶极易引起儿童过敏，这种过敏大都会在三岁左右消失，少数儿童的过敏症状一直会延续到10岁左右。
最近的一项研究发现，在被调查的儿童中，大约三分之二的儿童有牛奶过敏反应。
牛奶过敏症状主要包括：流鼻涕、哮喘、发烧、中耳炎、皮疹以及胃部不适等。研究人员发现，当将牛奶从他们的食谱中撤出时，这些症状就会减轻或者消失。如果食谱中再加进牛奶，这些症状又会出现。
