肿瘤基因治疗虽然已成为人类克服肿瘤这一顽症的新的希望所在，但目前尚存在许多需要解决的问题题。例如在技术上，目前所用的各种基因转移载体的基团转染效率均较低，仅10%左右，这就使得目的基因的表达达不到期望的有效浓度，且目前基因转移载体大多仅适于离体方法(ex vivo)，故今后除应加强研制高效转染和表达的基因载
体外，还应注重研究可直接应用于人体，且在体内可特异进入靶细胞或靶组织的载体，尤其是原位基因转移技术。此外，经体外遗传操作的细胞的体外维持、扩增、移植及回输体内的细胞在体内的生长、稳定有效的基因表达的维持等方面，目前也存在很多问题。有人认为，Rosenberg的TNF-TIL疗法之所以疗效不佳，除其TIL瘤灶定位性能不够好外。TNF在肿瘤部位的分泌量低则是另一主要原因。在这一方面，我们认为，采用肿瘤特异性增殖病毒进行的基因-病毒治疗是一个很有前途的研究方向。
虽然肿瘤基因治疗的开展可能不存在伦理学难题，但其安全性仍是一个需要关注的问题。
目前使用的各种病毒基因载体，虽在使用上各有长处，但均存在病毒载体与野生型病毒或内源性前病毒发生重组而导致病毒血症甚至致癌的危险;病毒随机整合至宿主靶细胞基因组，可产生插入突变或导致一些重要基因的灭活
;由于病毒载体是蛋白质和核酸的混合物，产生后无法纯化至单一成分，故在其生产和使用过程中若染污了病原微生物，如有复制能力的反转录病毒或外源RNA等也较难检出，而病人使用后就有可能为野生型病毒感染，或由于RNA反转录为cDNA插入靶细胞基因组而使宿主接受了不必要的甚至是有害的外源遗传物质。已有报道表明因野生型辅助病毒的存在可使猴发生淋巴瘤;在病毒载体的大规模生产过程中也发生过因基因重组而产生大量野生型病毒的事故。
故在今后的研究中，用遗传工程技术排除危害性重组发生的可能性，发展其他定向定点整合或同源重组的基因载体也是今后基因转移载体研究的方向。
在上述我们进行的以端粒酶为靶点的肿瘤基因治疗研究中，也还有许多问题需要认真对待。首先，约有10%左右的人类肿瘤没有端粒酶活性，其中有一部分是依靠非端粒酶依赖机制维持端粒长度，因此针对端粒酶的肿瘤治疗方案对这些肿瘤或细胞群体不起作用;其次，在人类生殖细胞、造血干细胞等正常细胞中也可检出端粒酶活性，以端粒酶为靶点的肿瘤治疗可能会给这些细胞造成毒副反应;最后，迄今为止绝大多数靶向端粒酶的抗肿瘤研究还都停留在体外细胞和动物模型上，尚未过渡到临床，其抗肿瘤的临床远期效果还仅在推论当中。针对上述问题，我们进行了认真的思索和研究。
第一，在所有肿瘤的治疗方案中，没有一项是可以针对所有肿瘤的，以端粒酶为靶点的治疗可以靶向85%以上的各种肿瘤，是目前最为广谱的肿瘤基因治疗这群。
第二，通过选择合适的治疗策略，可以提高肿瘤的治疗效果，如以端粒酶hTERT启动子控制的增殖性腺病毒载体，携带抗肿瘤基因，靶向端粒酶阳性的肿瘤细胞并杀死肿瘤细胞，其介导的抗癌基因高效表达，可以同时对周围端粒酶阴性的肿瘤细胞群体起抑制作用。这种联合病毒与基因的治疗策略，对晚期播散性肿瘤的治疗尤其显示出独特的优势。
第三，生殖细胞、造血干细胞等正常细胞的分裂能力明显低于肿瘤细胞，其端粒长度较肿瘤细胞为长，端粒酶活性也远不如肿瘤细胞高，因此以端粒酶活性抑制为目标的基因治疗方案可以设计为在正常细胞端粒耗尽前终止，之后共端粒酶活性得以恢复。而以端粒酶激活为目标的治疗方案中，选择性增殖病毒载体在较低端粒酶活性的正常细胞中复制的程度很低，对正常细胞的损害很微弱。
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