有关鼻咽癌的病因，最受人们重视的是Epstein-Barr(EB)病毒感染、遗传因素和化学致癌物。
1.EB病毒大量的基础和临床研究均证实EB病毒是鼻咽癌的病因。最主要的证据有：
①从鼻咽癌上皮细胞中测出EB病毒基因;
②把EB病毒基因与正常人上皮细胞和B细胞混合后，潜性膜蛋白(1_aMP)开始表达，并伴随有上皮细胞的形态改变。由于LMP蛋白的作用之一是抑制上皮细胞的分化，因此可以考虑EB病毒通过诱发LMP表达，使细胞分化受阻，从而导致鼻咽癌的发生。根据链结构的差异，可将EB病毒分为A型和B型。研究表明，大部分鼻咽癌为A型所感染，因此提示降低A型病毒感染有可能降低鼻咽癌的发病率。
最近报道，将EB病毒感染的人胎儿鼻咽黏膜移植到裸鼠皮下，经致癌物的协同作用，成功地诱发出鼻咽癌的动物模型。将诱发的鼻咽癌的EB病毒序列与实验EB病毒序列采用PCR扩增、克隆和核酸序列进行同源性比较，结果同源性达99%。该实验证明病毒在鼻咽癌发生中起重要作用。
2.遗传因素鼻咽癌病人有种族及家族聚集现象。10%的鼻咽癌患者有家族史，其中以父母、兄弟、姐妹患鼻咽癌明显高于患其他肿瘤。这一些事实提示遗传因素在鼻咽癌可能起重要作用。研究显示基因、P基因与鼻咽癌的发病易感性关系较大。易感性除了从整体考虑外，也应考虑局部因素，如鼻咽部是否存在易感细胞等。
3.环境与饮食研究显示环境因素也是鼻咽癌高发区域的重要诱因之一。如中国、爱斯基摩人和北非人群常用的腌制食品。中国数据证实摄食咸鱼与低分化鼻咽癌的发病率有直接相关。
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