恶性肿瘤的治疗方法近几年来越来越丰富，给忡瘤的治疗带来了更多的行之有效的手段。然而，由于对肿瘤的认识目前仍有很多不明之处，故各种治疗方法均存在一定问题。
外科治疗是目前恶性肿瘤治疗的重要手段，但由于恶性肿瘤是一种全身性疾病，即使在很早期的患者，半数已有微转移灶，它们通过血道和淋巴道转移至它处，从而导致手术的失败，因此单靠手术难以根治恶性肿瘤。放射治疗也是肿瘤治疗的重要方法，和手术治疗一样，也是一种局部性治疗手段。无疑也难以根治恶性肿瘤。
此外，乏氧细胞的存在，不敏感细胞及放射线对正常组织的损害等都直接影响治疗的疗效。化学治疗是恶性肿瘤治疗的第三大模式，但由于化疗药物对恶性肿瘤的选择性差，多药耐药性的产生和化疗药的骨髓抑制、免疫抑制、消化道反应等也限制着肿瘤比疗的应用。生物治疗以其全身性的调节，无明显毒副作用，越来越受到关注，但生物治疗目前仍存在以下问题：
(1)人的免疫系统很复杂，有很高的特异性，即便是同一种肿瘤，因人不同，其宿主-肿瘤的关系也并不相同或相似，因此，治疗的反应也绝不相同。再者，生物治疗缺乏宿主--肿瘤关系的动物模型供研究所用，因为，动物模型难以完全模仿病人的生物状态，也不能提示病人的免疫活动。
(2)缺乏相关的准确的监测方法，现有的免疫监测指标难以准确地、完整地描述肿瘤病情的消退进展，免疫指标的下降不一定反映肿瘤的消长。治疗有效与无效，免疫指标不一定升高或降低。
(3)测定抗肿瘤功效及肿瘤应答与存活率的矛盾。
(4)生物治疗对肿瘤较小，未经过其他治疗，无明显临床表现状态时，才能发挥其最大效应。
因此，生物治疗的研究若想对此类状态的人群进行研究是很困难的。肿瘤的基因治疗作为一项新兴技术，目前在理论上和技术上都存在许多问题。其中基因转移技术不完善是面临的最大挑战。此外，整合上的序列欠稳定性，转染率低，表达水平低，难以获得长期表达。且目前尚无一种载体能将目的基因插入到靶细胞基因组织的特定位点上。
导向治疗也同样存在着缺乏特异性肿瘤抗原，肿瘤细胞群体中抗原的表达与调变也有待进一步了解。此外，导向治疗中，“弹头”至关重要，单抗偶联物在体内虽有部分特异性，但到达肿瘤局部的量仍属有限，难以彻底消灭肿瘤细胞，且免疫毒素具有脏器毒性，有可能成为体内治疗的障碍。
介入治疗也基本上届于局部治疗，难以解决全身性的问题，此外，由于血管的变异，侧支循环的形成，肿瘤细胞的耐药性及毒副作用等以及对肿瘤较大，范围较广者效果较差。电化学治疗存在着电场对心脏自律性的影响，产气可能引起气栓导致循环衰竭，如何最佳配置电极、确定最佳物理条件，如何确定适宜的治疗标准和最佳治疗方法，都是电化学治疗存在的问题。
光动力学治疗也是一种局部治疗，同样对扩散及转移无可奈何。且激光的穿透力有限(1-2cm)，对浸润较深的肿瘤效差。光化学治疗的光敏副反应有待进一步克服。热疗与放、化疗合用可明显提高疗效，但也存在着不能对身体任何部位进行准确、均匀加温和尚无准确快速无创伤的温度测定设备等。
中医药治疗具有全方位调整机体功能，对放化疗具有增效减毒的效果，且无明显毒副作用的特点，但目前发现的中药及提取的成分中多数抑癌作用缓慢而微弱，难以很快缩小肿瘤，某些具有细胞毒作用的中药虽杀伤力较强，但只能局部外用，尚无强效安全的中药针剂问世。
中药抗癌药物的研制速度慢、水平低、新药的“寿命”短，中医药治疗肿瘤的客观疗效观察指标不系统、不统一，也缺乏严谨，应用西医的指标又不适合中医治癌的规律。中医治疗恶性肿瘤的机制尚有很多不明之点，中药的研究中，单药的研究多而复方的研究少。
这些都是目前我们研究肿瘤治疗方法的局限性因素，所以，对于治疗肿瘤还是有一定的缺陷的。最好的方法就是照顾好自己，尽量避免生病，做好预防工作。
