在鉴别诊断上，除须与肝门部胆管癌相鉴别的疾病作鉴别外，还须注意与下列疾病鉴别。①胰头癌：胰头癌常压迫或侵犯中远段胆管造成梗阻，胆道造影类似中远段胆管癌，但胰头癌CT扫描可见胰头肿块，MRCP或ERCP可见胰管近端梗阻、远端扩张，一般不难鉴别。
②十二指肠乳头癌：可表现为远段胆管梗阻，胆道造影类似远段胆管癌，但在ERCP检查时内窥镜下可见肿大的乳头，胰管多扩张，可资鉴别：
③胆管远段结石嵌顿：患者可为无痛性黄疽而无胆石症的表现，胆道造影类似远段胆管癌，有时术中探查亦不易鉴别;另一情况是伴有胆管结石的中远段胆管癌常常满足于胆管结石的诊断，而遗漏胆管癌，这类患者在行胆管切开取石T管引流术后，往往T管不能夹闭：中远段胆管癌的早期诊断是一个值得研究的问题。临床上一般在患者出现阻塞性黄疽后才做相应的胆道检查，而事实上在黄疽出现前相当长的一段时间内多数患者有上腹胀痛不适等症状，如在此时就做深入检查可望早期发现中远段胆管癌。
因此，对原因不明的反复上腹胀痛不适，若症状呈进行性加重，应考虑到中远段胆管癌的可能，有必要做胆道影像检查。远段胆管癌的定性诊断也是一个值得研究的问题，因为术前、术中均不易获得病理组织学诊断。通过ERCP可取胆汁脱落细胞或刷取细胞做细胞学检查，或钳取组织做活检，但二者阳性率均低，阴性结果也不能排除胆管癌的诊断。
术中探查如肿瘤已侵犯胆管周围组织或已有淋巴结转移，则较易取材做病理组织学检查;若肿瘤仅局限于胆管腔内，则不易取材，而在无病理诊断的情况下行胰十二指肠切除常有所顾忌。目前多数学者认为，根据影像学检查资料和术中探查结果无法排除远段胆管癌者，虽无病理诊断，仍有指征行胰十二指肠切除术，因在胰十二指肠切除已是一种较为安全手术的今天，遗留远段胆管癌的后果更为严重。
