流行病学调查提出鼻咽癌的病因可能与下列因素有关。
1.EB病毒感染：鼻咽癌病人的血清中有对EB病毒各种特异性抗原的抗体反应，而且抗体的量在早期到晚期的发展过程中不断增多;EB病毒大量存在于鼻咽癌活检组织中;EB病毒不但能使人体组织，而且能使接近于人类的灵长类动物的组织发生恶性改变，有明显的致肿瘤作用等。据此被认为该病毒与鼻咽癌有密切关系。
2.环境与饮食：环境因素也是诱发鼻咽癌的一种原因。在广东，调查发现鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍含量较低发区为高。在鼻咽癌患者的头发中，镍含量亦高。动物实验表明，镍能促进亚硝胺诱发鼻咽癌。也有报道食用咸鱼及脂制食物是中国南方鼻咽癌高危因素，且与食咸鱼的年龄、食用的时间、量及烹调方法有关。
3.遗传因素：鼻咽癌病人有种族及家族聚集现象，以黄种人多见，居住在其他国家的中国南方人后代仍保持着高的鼻咽癌的发病率，这提示鼻咽癌可能是遗传性疾病。
