鼻咽癌临床常采取组织细胞学分类法。在组织细胞学分类方面，各家意见尚未能完全统一。为此，世界卫生组织(WHO)于1991年提出鼻咽癌可分为：角化型鳞状细胞癌、非角化性癌和末分化癌三型。目前各地专家均同意推荐使用《鼻咽癌诊治规范》中的分类方法：
鼻咽癌的病理分型1.原位癌 指发生于黏膜被覆上皮或隐窝被覆上皮，癌变的细胞达全层，但末穿破基膜。
鼻咽癌的病理分型2.微小浸润癌 指癌变的细胞穿破上皮基膜向下早期浸润而形成。微小浸润癌与原位癌可以认为是鼻咽癌的早期病变。
鼻咽癌的病理分型3.鳞状细胞癌 鼻咽癌的98%是起源于柱状上皮的鳞状细胞癌。按癌细胞的分化程度又可分为：高、中及低分化鳞状细胞癌。
鼻咽癌的病理分型4.泡核状细胞癌 见大部分癌细胞呈空泡状改变。由于癌巢中间质纤维少，淋巴细胞丰富，故又称“淋巴上皮癌”。泡核状细胞癌发展快，易下行性淋巴及血道转移，对放射治疗敏感。
鼻咽癌的病理分型5.未分化癌 癌组织中找不到清楚的细胞间桥和细胞角化，亦无腺腔结构。
鼻咽癌的病理分型6.腺癌 极少见。来源于鼻咽黏膜腺体或小涎腺，癌细胞呈腺性分化，有明显的腺腔结构。尚可见少数双向分化的腺鳞癌。按癌细胞的分化程度又可分为：高、中及低分化腺癌。
