鼻咽癌的确切病因尚未明了，但从遗传因素、病毒感染、生活环境、癌基因等方面可找到一些线索。
鼻咽癌的病因(1)遗传因素 至目前为止尚不能证明鼻咽癌是一种血缘性遗传性疾病，但该病存在明显的家族易感性，有10%的患者有家族肿瘤病史。有研究表明，在鼻咽癌患者中，人类白细胞抗原(HLA)、姊妹染色单体交换率(SCE)、染色体脆性部位(FRA)、染色体畸变(CA)、染色体核仁形成区(NOR)等细胞遗传学指标均高于健康人。
鼻咽癌的病因(2)病毒感染 20世纪60年代起，就有人在鼻咽癌患者中测出EB病毒抗体。其中IgA抗体，尤其是VCA-lgA(壳抗原抗体)高度特异，其水平与病情发展和预后有关。而EA-IgA(早期抗原抗体)虽也有较高的特异性，但敏感性较差。
鼻咽癌的病因(3)生活环境 鼻咽癌患者中有部分病人可表现为同一地区性发病。这可能与病人所处的生活环境中的某些微量元素，如镍(Ni)的含量过高，以及一些化学物品如食物中亚硝胺的含量过高(腌制品中含量较高)，以及与进食高含盐食物等有关。
鼻咽癌的病因(4)癌基因 有研究表明，鼻咽癌细胞有癌基因ras的表达，以及肿瘤抑制基因的丢失。
